Le ministère a une mission centrale dans l'organisation du territoire et le maintien de la cohésion des institutions du pays. Il garantit aux citoyens l'exercice des droits, devoirs et libertés affirmés par la loi fondamentale.

Le ministère de l'Intérieur assure six missions essentielles s'articulant autour de deux grands thèmes :

Administrer le territoire

• Assurer la représentation et la permanence de l'État sur l'ensemble du territoire national.
• Garantir l'intégrité des institutions publiques.
• Veiller au respect des libertés locales et des compétences des collectivités territoriales.

Garantir la sécurité des citoyens et des biens

• Élaborer et faire respecter les règles garantissant aux citoyens l'exercice des libertés publiques, notamment par le suffrage universel.
• Protéger la population contre les risques ou fléaux de toute nature et contre les conséquences d'un conflit éventuel.
• Ces missions sont remplies sur l'ensemble du territoire par les services de l'administration centrale, les préfectures et sous-préfectures, la police nationale et la sécurité civile.

Pour l’outre-mer, le ministère propose notamment au Premier ministre la réunion des conseils et comités interministériels relatifs à l'outre-mer, dont il prépare et met en œuvre les décisions.

Le ministère intervient également à l’international, aussi bien pour la coopération administrative que la coopération policière, la sécurité civile ou l’envoi de renforts matériels et humains.

L’organisation du ministère de l’Intérieur reflète l’étendue de ses missions d’administration territoriale, de sécurité publique et de maintien de l’ordre. Il comprend :

Le secrétariat général qui pilote le réseau des préfectures et adapte les structures territoriales de l’État. Il :

• supervise l’organisation des opérations électorales, contrôle le financement et la transparence de la vie politique ;
• veille également au respect de la législation relative aux associations, aux établissements d’utilité publique et au dépôt légal des publications ;
• suit les affaires relatives aux différents cultes (tutelle administrative sur les congrégations et collectivités religieuses, application du concordat dans les départements du Bas-Rhin, du Haut-Rhin et de la Moselle) 

• La direction générale des collectivités locales DGCL
• La direction générale de la police nationale DGPN
• La direction générale de la sécurité intérieure, service actif de la police nationale DGSI
• La direction générale de la gendarmerie nationale DGGN
• La direction générale des étrangers en France DGEF
• La direction générale de la sécurité civile et de la gestion des crises DGSCGC
• La direction générale des outre-mer DGOM
• La délégation à la sécurité routière DSR
• L'inspection générale de l'administration IGA
• Le conseil supérieur de l’appui territorial et de l’évaluation CSATE

Services rattachés à la direction générale de la Police nationale et à la direction générale de la Gendarmerie nationale

• Le service statistique ministériel de la sécurité intérieure - SSMSI
• La direction de la coopération internationale de sécurité DCIS
• Le service des technologies et des systèmes d'information de la sécurité intérieure - STSI2
  
• Le collège stratégique
• Le bureau chiffre et sécurité
• La mission des archives nationales - MAN
• Le comité interministériel de prévention de la délinquance et de la radicalisation - CIPDR
• Le secrétariat général du comité interministériel de contrôle de l'immigration
• Le secrétariat général du comité interministériel à l'intégration
• Le comité interministériel de la sécurité routière
• Le délégué interministériel chargé de l’accueil et de l’intégration des réfugiés - DiAir
• La délégation interministérielle à la sécurité privée - DISP
• Le délégué interministériel à la lutte contre le racisme, l'antisémitisme et la haine anti-LGBT - DILCRAH
• Le délégué ministériel aux industries de sécurité et à la lutte contre les cybermenaces - DMISC

Établissements publics administratifs :

• L'agence nationale des titres sécurisés - ANTS

• L'agence nationale du traitement automatisé des infractions - ANTAI