Le ministère de la Santé et de la Prévention œuvre à l'organisation de la prévention et des soins, ainsi que la recherche et l’innovation dans le domaine de la santé.

Ses missions touchent les domaines de promotion de la santé : professions médicales et paramédicales, fonction publique hospitalière, politiques de maintien en bonne santé tout au long de la vie ainsi que les actions pour l’indépendance nationale et l'innovation.

Les compétences principales du ministère sont :

• la politique gouvernementale contre les inégalités de santé et les conduites addictives et pour la santé mentale ;
• la préparation de la loi de financement de la sécurité sociale et de son suivi ;
• la préparation et le suivi des travaux du comité interministériel pour la santé ;
• la préparation et mise en ouvre des règles relatives à la gestion des organismes de sécurité sociale ainsi qu'aux organismes complémentaires, en lien avec les ministères intéressés.

Les services du ministère sont répartis en grandes directions générales organisées en missions. La Direction générale de la santé (DGS), par exemple, élabore la politique de santé publique et contribue à sa mise en œuvre.
La Direction générale de l’offre de soins (DGOS) a pour mission de construire l’offre de soins de demain. L'entité réunit toutes les organisations, institutions et ressources intervenant en matière de santé, de recherche ou de formation.
Il existe aussi une Direction de la sécurité sociale (DSS) et une Délégation ministérielle au numérique en santé (DNS), qui est chargée de fluidifier la coordination entre les professionnels de santé et de développer des innovations thérapeutiques et organisationnelles. D’autres directions appuient le ministère dans des domaines transverses, comme les études et les statistiques, la affaires juridiques, l’international ou la communication.

De nombreux services déconcentrés relaient sur l’ensemble du territoire l’action du ministère :

• les Agences régionales de santé (ARS), établissements publics chargés du pilotage de la politique de santé publique et la régulation de l’offre de santé en région ;
• Les Directions régionales de l’économie, de l’emploi, du travail et des solidarités (DREETS), qui regroupent les interlocuteurs, les missions et les services s’agissant de la prévention et de l’action contre les exclusions, de l’accompagnement des mutations économiques, du développement économique, du travail, de la concurrence, de la consommation, de la répression des fraudes ;
• un grand nombre d’établissements publics à compétence nationale (caisses nationales de sécurité sociale, agences sanitaires, etc).