Lorsque le financement de l’Etat est susceptible de dépasser 100 M€, le porteur de projet doit saisir le SGPI de façon à ce que ce dernier organise une contre-expertise indépendante du dossier d’évaluation et rende un avis sur le projet. La contre-expertise repose sur en moyenne 3 contre-experts selon la complexité et les enjeux du dossier. Ces contre-experts produisent ensemble un rapport unique. Le délai entre le dépôt du dossier d’évaluation par le porteur du projet et l’émission de l’avis ne peut légalement excéder 4 mois.

L’avis rendu par le SGPI est le dernier avis administratif avant le démarrage. Il s’agit d’un avis simple (sans obligations), le plus souvent assorti de recommandations issues de la contre-expertise. Lorsque le dossier d’évaluation s’avère peu convaincant, le SGPI formule dans son avis des réserves, qui conduisent à la reconfiguration de certains projets, ou donne un avis négatif motivé.

Le rapport de contre-expertise et l’avis du SGPI sont transmis au Premier ministre et au Parlement ainsi qu’au porteur de projet qui doit, le cas échéant, les intégrer dans le dossier d’Enquête d’Utilité Publique (DUP).