Valérie Pécresse a adressé le 27 février 2008 une feuille de route à Catherine Bréchignac, présidente du CNRS, dans le cadre de la préparation du plan stratégique du CNRS et du contrat d'objectifs qui doivent être signés avant la fin de l'année. Après le vote de la loi sur l'autonomie, les laboratoires sont appelés à développer de nouveaux partenariats avec les universités.

La feuille de route (format pdf) envoyée par Valérie Pécresse à la présidente du CNRS le 27 février 2008 insiste sur cinq priorités du ministère :

  Moderniser le partenariat du CNRS avec les universités, appelées, dans le cadre de l'autonomie, à devenir des acteurs moteurs du dispositif de recherche. Ce nouveau partenariat devra d'abord s'accompagner d'une simplification et d'une clarification de la gestion administrative et financière des unités mixtes de recherche, en lien avec les recommandations du groupe de travail présidé par François d'Aubert.

  Explorer, avec les autres organismes de recherche et les établissements d'enseignement supérieur, la possibilité de simplifier les tutelles des laboratoires en étudiant notamment la possibilité de limiter à deux le nombre des tutelles scientifiques, l'une à vocation nationale, l'autre locale. Le rôle du CNRS dans les orientations scientifiques et les modalités de financement récurrent et d'allocation d'autres ressources (équipements mi-lourds, personnels...) devront faire l'objet de discussions approfondies avec les universités, dans le cadre des nouvelles responsabilités qui leur seront progressivement conférées.

  Concourir avec les universités à l'émergence de Pôles de recherche et d'enseignement Supérieur (Pres), visibles à l'échelle internationale, dont la loi d'avril 2006 a permis la création. "La valorisation de la recherche et les transferts de technologie, explique la ministre, ont vocation à s'organiser de manière décentralisée, à s'incarner dans les territoires, en partenariat avec les universités et les écoles, dans une logique de proximité."

  Substituer aux départements scientifiques actuels une structuration en grands instituts nationaux de recherche favorisant les coopérations entre les divers acteurs et constituant un ensemble réactif.

  Améliorer la gestion des ressources humaines du CNRS, dans l'esprit du nouveau partenariat qu'il développera avec les universités et les écoles. Sans remettre en cause le statut des chercheurs en activité et en maintenant un flux de recrutement de jeunes chercheurs propres au CNRS, il s'agit de favoriser une plus grande fluidité entre les corps de chercheurs et d'enseignants-chercheurs.

  La feuille de route pour le CNRS (format pdf), sur le site du ministère de l'Enseignement supérieur et de la Recherche